La mayoría de los clubes europeos de primer nivel invierten fuertemente en el desarrollo de jóvenes futbolistas. Desde hace décadas, el Panathinaikos mantiene una academia juvenil que forma a decenas de jugadores con aspiraciones — y, según todos los indicios, se considera la academia de fútbol líder en Grecia.
El sistema juvenil del club ha producido a muchos de los mejores futbolistas del país, jugadores que han alcanzado el más alto nivel del deporte: consolidándose en el primer equipo del Panathinaikos, formando parte de la Selección Nacional de Grecia y destacándose en competiciones europeas. Entre aquellos que marcaron historia se encuentran Giorgos Karagounis, Angelos Basinas, Giannis Goumas, Sotiris Ninis, Kostas Antoniou, Spyros Livathinos, Sotiris Kyrgiakos, Kostas Chalkias, Stefanos Kotsolis, Alexandros Tzorvas, Charis Mavrias y Giorgos Vagiannidis.
Incluso hoy en día, la Academia del Panathinaikos sigue nutriendo al primer equipo con jugadores talentosos como Elton Fikaj, Adriano Bregu, Giannis Bokos y Giorgos Kyriopoulos. En los últimos años, el club también ha desarrollado a Christos Donis, Fanis Mavrommatis, Dimitris Emmanouilidis, Vasilis Zagaritis, Giannis Bouzoukis, Tasos Chatzigiovanis, Sotiris Alexandropoulos, Nikos Christogeorgos y Vasilis Xenopoulos.
La actividad de la Academia comenzó a mediados de la década de 1950, se fortaleció a partir de 1970 y alcanzó los estándares europeos desde 1992 en adelante. Una figura histórica en la evolución de la Academia es Giannis Papastavrou, quien sirvió en todos los cargos administrativos durante casi medio siglo y dejó un legado duradero.
La filosofía central de la exitosa Academia del Panathinaikos sigue siendo la misma: formar personas íntegras al mismo tiempo que se aprovecha el talento de los jóvenes futbolistas que persiguen su sueño.
Actualmente, la Academia cuenta con equipos en las categorías Sub-10, Sub-11, Sub-12, Sub-13, Sub-14, Sub-15, Sub-16, Sub-17 y Sub-19. En este pilar fundamental de la estructura del Panathinaikos trabajan entrenadores altamente cualificados y un personal especialmente capacitado. Los entrenamientos se llevan a cabo exclusivamente en los nuevos campos del Centro de Entrenamiento “G. Kalafatis”.