La mayoría de los clubes europeos que compiten en campeonatos importantes invierten mucho en el desarrollo de jugadores jóvenes. El Panathinaikos dispone, desde hace décadas, de una academia compuesta por decenas de niños promesas. Los hechos demostraron que la academia del Panathinaikos es la más importante de Grecia.
En esta academia se han forjado grandes jugadores. Llegaron al nivel más alto, jugaron como titulares en el primer equipo y en competiciones europeas y luego formando parte de la selección nacional llegaron al cénit: Giorgos Karagunis, Angelos Basinás, Yiannis Goumas, Sotiris Ninis, Kostas Antoniu, Spiros Livacinos, Kostas Jalkiás, Stéfanos Kotsolis, Alexandros Tzorvas, Sotiris Kiriakos y Jaris Mavrías formaron un plantel representativo de lo que se ha mencionado.
Por supuesto que hoy en día varios jugadores del primer equipo llegaron procedentes de la cantera. Jugadores talentosos como Tasos Jatziyiovanis, Yiannis Buzukis, Sotiris Alexandropulos, Vasilis Zagaritis, Andreas Atanasakopulos, Fanis Mavromatis, Dimitris Emanuilidis, Yiorgos Vayianidis, Vasilis Xenopulos, Nikos Jristogiorgos, Dimitris Serpezis y unos años atrás Jristos Donis y Konstantinos Kótsaris.
La academia del Panathinaikos comenzó sus actividades a mediados de la década de los 50. Volvió a ser más activa después del año 1970, mientras que su armonización con los estándares europeos empezó a partir del año 1992. Yiannis Papastavru es un personaje histórico en la academia del Club. Un hombre que durante medio siglo trabajó sin parrar en todos los puestos administrativos de la cantera. La filosofía principal de esta exitosa academia se basa en forjar personalidades completas desarrollando el talento que tienen los jóvenes, dichosos de volver su sueño realidad.
La academia del Panathinaikos hoy en día incluye los equipos de sub-10, sub-11, sub-12, sub-13, sub-14, sub-15, sub-16, sub-17 y sub-19 y funciona bajo la dirección de Vanguelis Samios entrenador en jefe de la cantera. En el pulmón Panathinaikos trabajan en total 30 personas.
