Οι περισσότεροι ευρωπαϊκοί σύλλογοι των κορυφαίων πρωταθλημάτων επενδύουν πολλά στην εξέλιξη νεαρών ποδοσφαιριστών. Ο Παναθηναϊκός εδώ και δεκαετίες διαθέτει ακαδημία που στελεχώνεται από δεκάδες εκκολαπτόμενους ποδοσφαιριστές. Και εκ των γεγονότων προκύπτει ότι η ακαδημία του Παναθηναϊκού είναι η κορυφαία στην Ελλάδα. Από αυτήν έχουν αναδειχθεί κορυφαίοι Έλληνες ποδοσφαιριστές που έφτασαν στο υψηλότερο επίπεδο να καθιερωθούν στην πρώτη ομάδα, να αποτελέσουν στελέχη της Εθνικής ομάδας και στο αποκορύφωμα να διακριθούν σε ευρωπαϊκές διοργανώσεις. Γιώργος Καραγκούνης, Άγγελος Μπασινάς, Γιάννης Γκούμας, Σωτήρης Νίνης, Κώστας Αντωνίου, Σπύρος Λιβαθηνός, Κώστας Χαλκιάς, Στέφανος Κοτσόλης, Αλέξανδρος Τζόρβας, Σωτήρης Κυργιάκος, Χάρης Μαυρίας είναι μια χαρακτηριστική 11άδα ποδοσφαιριστών.
Βέβαια και στις μέρες μας η ακαδημία στελεχώνει την πρώτη ομάδα -και τον Παναθηναϊκό Β πλέον- με ταλαντούχους ποδοσφαιριστές όπως οι Γιώργος Βαγιαννίδης, Γιώργος Σιδεράς, Λεάντρο Φρόκου, Ανδρέας Αθανασακόπουλος, Βασίλης Ξενόπουλος, Δημήτρης Σερπέζης, Αμπντελραχμάν Μπιλάλ. Στο πρόσφατο παρελθόν έπαιξαν οι Χρήστος Δώνης, Κωνσταντίνος Κότσαρης, Φάνης Μαυρομμάτης, Δημήτρης Εμμανουηλίδης, Βασίλης Ζαγαρίτης, Γιάννης Μπουζούκης, Τάσος Χατζηγιοβάνης, Σωτήρης Αλεξανδρόπουλος, Νίκος Χριστογεώργος.
Η δραστηριότητα της ακαδημίας του Παναθηναϊκού ξεκίνησε στα μέσα της δεκαετίας του ’50, έγινε πιο ενεργή από το 1970 και έπειτα, ενώ η εναρμόνιση με τα ευρωπαϊκά πρότυπα ήρθε από το 1992 και μετά. Ιστορική μορφή της ακαδημίας του Παναθηναϊκού αποτελεί ο Γιάννης Παπασταύρου, ένας άνθρωπος που για σχεδόν μισό αιώνα υπηρέτησε από όλα τα διοικητικά πόστα στο φυτώριο του Τριφυλλιού.
Βασική φιλοσοφία της επιτυχημένης ακαδημίας του Παναθηναϊκού παραμένει η διαμόρφωση ολοκληρωμένων προσωπικοτήτων παράλληλα με την αξιοποίηση του ταλέντου των νεαρών ποδοσφαιριστών, οι οποίοι κυνηγούν το όνειρό τους.
Σήμερα στην ακαδημία του Παναθηναϊκού λειτουργούν ομάδες Κ10, Κ11, K12, K13, K14, K15, K16, K17, K19 υπό την εποπτεία του αρχιπροπονητή των τμημάτων υποδομής, Βαγγέλη Σάμιου. Στον πνεύμονα του Παναθηναϊκού εργάζονται συνολικά 30 άνθρωποι.
